一年戦争後期の、とある中立コロニーを場所とした話。ニュータイプ能力が肥大化し、新しい機体が必要になったアムロのために、連邦軍はニュータイプ専用MS・NT-1アレックスを開発。アレックスを奪取又は破壊しようとするジオンの特殊部隊の活躍を描いた、ガンダム作品には珍しいジオン主体のストーリー。(アムロとかは登場しません)
主人公は新米学徒兵のバーニィ。初陣で戦果も上げられず、さっそくザクを失ったものの、サイクロプス隊に編入され、他の隊員が全滅した後はいきなりやる気まんまんに。打ち落とされ、回収されずに放置されていたザクを修理し、いろいろと小細工を仕掛けてアレックスに戦いを挑むものの、所詮はザク。アレックスのガトリングガンで腕吹っ飛ばされた上、終いにはコックピットをビームサーベルで串刺しにされてミンチに(恐 そんでも、バーニィ君は最後に意地を見せ、アレックスを斧で首ちょんぱにして大破させます。結局、アレックスはアムロ君に渡されませんでしたし、作戦は成功? とにかく、ザクでガンダム大破させたんだから、殊勲賞ものでしょう、うん。